La vegetación del municipio de Tolú, corresponde a la de bosque muy seco tropical características determinadas por la influencia directa del clima. En la zona litoral se encuentran establecidos ecosistemas de manglar, favorecidos por factores como: la morfología del terreno, el aporte de aguas dulces provenientes de los arroyos que descienden de los sistemas montañosos al oriente desembocando en el Golfo de Morrosquillo, no sin antes, conformar planos inundables en las zonas litorales, presentándose la formación de barras y terrazas marinas que  encierran extensas cuencas cubiertas por Manglar, entre los que se pueden mencionar, mangle blanco (Laguncularia racemosa), mangle rojo (Rhizophora mangle), que se hallan en vía de extinción, su presencia está condicionada a niveles freáticos altos e intercambio de agua dulce y salina, otras especies presentes son: Zaragoza (Conocarpus erecta), Mangle de humo (Avicennia germinans)

 

En la zona con menos influencia de salinidad, se encuentran  especies arbóreas como ceiba tolúa (Bombacopsis quinatum), matarratón (Gliricidia sepium), cedro (Cedrela sp), totumo (Cresentia cujete), caracolí (Anacardium excelsum), guayacán (Tabebuya spp), campano (Samanea saman), roble (Tabebuia rosea).

Gran parte de los árboles mencionados se hallan cerca de caños o arroyos donde los niveles freáticos son altos y zonas protegidas de los vientos alisios que soplan a finales y comienzos de año. Se encuentran además cultivos frutales propios de estas condiciones climáticas. En general la región de la llanura costera aluvial se encuentra en la clasificación de clima de sabana xerófila semiseca y durante cinco meses en el año es totalmente seca, periodo durante el cual la vegetación pierde su follaje. Se considera que el 70% de la vegetación es caducifolia. El territorio insular del Golfo (Islas de San Bernardo) se considera una continuación de la faja litoral del bosque muy seco tropical-semiárido, con una biotemperatura superior a 26 °C y una pluviosidad anual entre 500 - 1000 milímetros. La vegetación es en su mayoría caducifolia y abunda en cactáceas, arbustos espinosos, algunos manglares y palmas.
 
La zona que se extiende desde la Boca de la Ciénaga de la Caimanera hasta Boca de Zaragocilla, la flora bentónica es casi nula, porque el fondo del mar está constituido por fango limoso. Es una zona muy pobre en flora y fauna, con excepción del bajo coralino situado frente a la Hacienda La Loma y de los manglares del litoral y la Ciénaga de La Leche. Los peces comestibles  existentes en esta Ciénaga son el Sabalito, La mojarra, Róbalo y las Anchoas. Una zona que se extiende desde Boca Zaragocilla hasta el archipiélago de San Bernardo, dicho archipiélago está constituido por arrecifes de coral y consecuentemente los peces comestibles se encuentran en cantidad apreciable, se puede pensar en una migración constante de peces por el Golfo.